Да, такой отказ местной администрации правомерен. Разрешение на строительство – это документ, дающий застройщику право осуществлять строительство и реконструкцию объектов капитального строительства (ст. 51 ГрК РФ). Соответственно такое право даётся до начала строительства, а не во время его осуществления. Если строительство объекта недвижимости всё же началось без его разрешения, то такой объект уже считается самовольной постройкой. В этом случае остаётся единственный законный путь разрешения проблемы – это обратиться в суд с исковым заявлением о признании права собственности на самовольную постройку (ст. 222 ГК РФ), а не идти в орган местного самоуправления за получением разрешения на строительство.